1926. április 5-én kelt a Balatoni Limnológiai Intézet alapító rendelete

A Balaton tudományos megismerése a 18–19. században indult, majd a 19. század végén a Magyar Földrajzi Társaság kutatásai és a Lóczy Lajos nevéhez fűződő, világhírű Balaton-monográfia emelte nemzetközi rangra. E szellemi alapokon született meg a nagy elhatározás: a Balaton partján önálló biológiai kutatóintézetet kell létrehozni. Az alapító rendelet 1926. április 5-én kelt, majd még ugyanazon év augusztus 25-én Tihanyban ünnepélyesen letették a Magyar Biológiai Kutatóintézet alapkövét, az alapító okirat egy cinszelencébe zárt hiteles példányával több méter mélyen a majdani kutatóintézet rezgésmentesre tervezett alapjaiba – áll a HUN-REN Balatoni Limnológiai Kutatóintézet bejegyzésébe. 

1925 augusztusában Klebelsberg Kuno és Dr. Magyary Zoltán személyesen járták be a kijelölt tihanyi területet. A helyszínen szembesültek a meglepő valósággal: a kiszemelt telek kétharmadán a Balaton hullámzott.

Ekkor hangzott el Magyary híres mondata: „Vizet vettünk, kegyelmes uram!” Amire Klebelsberg nyugodtan csak ennyit felelt:
„Majd feltöltjük.” És valóban – feltöltötték. Két évvel később, 1927-ben az intézet megnyitotta kapuit.

Az intézet megtervezése és létrehozása mögött Magyary Zoltán hatalmas szervezőmunkája állt, aki a háttérben irányította az építkezést és a működés kidolgozását is. A helyszín kiválasztása sem volt véletlen: Tihanyban ekkor egy modern, „Kis Abbázia” néven tervezett elit üdülőközpont épült ki, kikötővel, utakkal és korszerű infrastruktúrával.

1929-től Entz Géza vezetésével pezsgő tudományos élet bontakozott ki. Ekkor érkezett haza az Egyesült Államokból Sebestyén Olga limnológus is , aki a Balaton kutatásának szentelte munkásságát, és meghatározó alakjává vált a hazai hidrobiológiának.ű

Az intézet túlélte a történelem viharait, és az 1970-es évektől kulcsszerepet játszott a Balaton megmentésében: az eutrofizáció visszaszorításában, a hal- és nádpusztulások okainak feltárásában , valamint az inváziós fajok vizsgálatában.